Het secretariaat van de Huidfederatie is samen met het secretariaat van het Huidfonds en de NVDV ondergebracht in de Domus Medica. Door een gemeenschappelijk bureau te exploiteren kunnen er kosten worden bespaard. 

Het secretariaat van de Huidfederatie is verantwoordelijk voor de correcte uitvoering van alle opgedragen administratieve taken, waaronder notuleren van vergaderingen, afhandeling post, archivering, telefoon beantwoorden enz. Dit ten behoeve van DB, AB en ALV. Verder is het secretariaat belast met de uitvoerende taken van projectactiviteiten. Het Dagelijks Bestuur stuurt het secretariaat aan en ziet toe op een correcte inhoudelijke afhandeling van de opgedragen taken.

In overleg met de Huidfederatie kunnen verenigingen werkzaamheden uitbesteden aan het secretariaat van de Huidfederatie.